Naše gymnázium patrí medzi najstaršie stredné školy na východnom Slovensku, do roku 1858 bolo jedinou strednou školou v Košiciach a do roku 1918 jediným klasickým gymnáziom v tomto meste.

Popri existujúcom 4-ročnom gymnaziálnom štúdiu vznikla dňa 1. septembra 1991 na pôde Gymnázia, Kováčska 28, Košice bilingválna francúzsko-slovenská sekcia, ktorá významne ovplyvnila ďalší kvalitatívny i štrukturálny vývoj školy. Stalo sa tak na základe medzivládnej dohody uzavretej medzi Francúzskom a vtedajším Československom. Základným cieľom uvedenej dohody bolo pripraviť budúcich odborníkov pre spoluprácu s Francúzskom v oblasti kultúrnej, ekonomickej a spoločensko-vednej.Pri veľmi náročnom štúdiu si žiaci pod vedením kvalifikovaných profesorov, pripravovaných v SR i vo Francúzsku, osvojujú francúzsky jazyk, absorbujú vedecko-technické poznatky v tomto jazyku, do hĺbky sa oboznamujú s literatúrou, kultúrou a spoločensko-vedným životom vo Francúzsku a frankofónnych krajinách. Bilingválna sekcia takto spája dve kultúry, ktoré umožňujú mladým ľuďom mnohostrannejšie poznávanie života a umocňujú tvorivý rozvoj vlastnej osobnosti.

1. septembra 1998 započalo na našej škole svoju činnosť 8-ročné gymnázium s rozšírenou výučbou cudzích jazykov (francúzsky jazyk, anglický jazyk). V rámci reálií sa v sexte a septime vyučuje vo francúzštine geografia a história a v oktáve ekonómia.

3.apríla 2000 bolo vrámci týždňa francúzskej kultúry, usporiadané Francúzskou alianciou v Košiciach,  za prítomnosti exprezidenta Rudolfa Schustera a francúzskeho exveľvyslanca na Slovensku J. E. G Vaugiera slávnostným pomenovaním gymnázia na ulici Laca Novomeského. Škola s bilingválnymi francúzskymi triedami dostala meno astronóma, politika a vojaka Milana Rastislava Štefánika.

Našu školu navštívilo mnoho významných osobností. V utorok 24.3.2009 navštívil naše Gymnázium veľvyslanec Francúzska na Slovensku, pán Henry CUNY, ktorého doprevádzal francúzsky jazykový atašé, pán Grégoire Brault.